Основная причина исчезновения ладожской нерпы – изменение среды обитания, акватории и берегов: строительство суперпортов, крупных предприятий, прокладка газо- и нефтепроводов и неэкологичная застройка.
Экологические угрозы – тоже существенная проблема для этих редких животных. Теплые малоснежные зимы с сильными ветрами в 2010-е годы, привели к тому, что в течение нескольких лет животным было негде выводить потомство.
Сильный ветер западных и северо-западных направлений на Ладожском озере вызывает движение льда на акваториях, а значит, щенки нерп могут преждевременно оторваться от кормящих самок. Потерявшиеся тюленята могут появиться в черте Петербурга или на пляжах Ленинградской области, а значит, высока вероятность их встречи с человеком.